Pembentukan Malaysia telah melalui proses yang lama dan merumitkan, namun proses ini penting untuk mengetahui pendapat rakyat sebelum proses penyediaan struktur asas Malaysia dapat disediakan. Pembentukan Malaysia turut memerlukan kerjasama daripada semua pemimpin dan ahli parti politik tersebut untuk menjayakan penstrukturan Malaysia. Seterusnya, proses ini juga melibatkan pembentukan jawatankuasa yang memudahkan pungutan suara dibuat dan pendirian rakyat diambil kira sebelum Malaysia dapat dibentuk.

Jawatankuasa Perundingan Perpaduan Kaum (JPPK)

Satu mesyuarat Persatuan Parlimen Komanwel (PKK) cawangan Tanah Melayu dan Sabah telah diadakan di Singapura pada bulan Julai 1961. Selain itu, semasa mesyuarat ini berlangsung, pemimpin-pemimpin Persekutuan Tanah Melayu dan Singapura telah menjelaskan konsep Malaysia kepada perwakilan Sabah, Sarawak dan Brunei yang hadir ke mesyuarat tersebut dan tujuan utama penerangan ini dijalankan adalah untuk mengurangkan dan mengelakkan salah faham tentang konsep.

Penerangan ini penting kerana ia melibatkan kalangan pemimpin tiga wilayah tersebut tentang penubuhan Malaysia. Ekoran daripada langkah ini, ia telah menyebabkan persefahaman yang kukuh yang mana mesyuarat telah bersetuju untuk menubuhkan Jawatankuasa Perundingan Perpaduan Kaum. Mereka juga telah berbincang dan bersetuju bahawa Jawatankuasa ini akan dianggotai oleh wakil dari wilayah-wilayah yang terlibat dalam pembentukan.

Pengerusi Jawatankuasa tersebut yang dipersetujui ialah Donald Stephens kecuali bagi pihak Brunei yang telah mengambil keputusan untuk bertindak sebagai pemerhati sahaja kerana mereka tidak bersedia untuk menyertai pembentukan Malaysia.

Tambahan lagi, Jawatankuasa ini ditubuhkan untuk menerangkan dengan lebih teliti dan secara jelas akan konsep negara Malaysia kepada rakyat, khususnya rakyat Sabah, Sarawak dan Brunei. Oleh itu, Jawatankuasa tersebut mengambil langkah mengumpul dan membandingkan idea-idea berkaitan dengan struktur pembentukan Malaysia yang dikumpul. Penerangan secara lebih teliti dan diskusi berkaitan dengan struktur Malaysia juga dilakukan lebih kerap supaya rancangan untuk merealisasikan penubuhan Malaysia dapat dicepatkan.

Ahli Jawatankuasa Perundingan Perpaduan Kaum ini dianggotai oleh:

-Tunku Abdul Rahman (Tanah Melayu), Lee Kuan Yew (Singapura), Dato' Mustapha Dato' Harun (Sabah), Temenggung Jugah Anak Berieng (Sarawak) dan Dato' Setia Pangeran Ali (Brunei).

Ahli Jawatankuasa tersebut turut mencari jalan untuk mendapat persetujuan daripada semua pemimpin-pemimpik politik di semua daerah yang terbabit. Jawatankuasa ini telah direkod mengadakan pertemuan sebanyak empat kali, iaitu pertamanya di Jesselton (Kota Kinabalu sekarang) pada 21 Ogos 1961, kedua di Kuching pada 18 Disember 1961, ketiga di Kuala Lumpur pada 6 Januari 1962 dan keempat di Singapura pada 1 Februari 1962.

Suruhanjaya Cobbold

Suruhanjaya Penyiasat Borneo Utara atau Suruhanjaya Cobbold ditubuhkan setelah satu rundingan dibuat antara kerajaan Persekutuan Tanah Melayu dengan kerajaan British pada bulan November 1961 dan ahlinya dilantik secara rasmi pada 16 Januari 1962. Ahli-ahli suruhanjaya ini terdiri daripada Lord Cobbold, iaitu bekas Gabenor Bank England sebagai pemimpin, Anthony Abell dan David Waterson yang mewakili kerajaan British, sementara Dato’ Wong Pow Nee dan Tan Sri Mohd. Ghazali Shafie sebagai wakil kerajaan Persekutuan Tanah Melayu. Nama Cobbold ialah sempena ketua jawatankuasa tersebut nama Cobbold.

Tujuan utama Suruhanjaya Cobbold ditubuhkan adalah untuk mengumpul serta mengenal pasti pendapat rakyat Sabah dan Sarawak berkenaan pembentukan Malaysia dan sepanjang Februari hinggga April 1962,Suruhanjaya ini telah berjaya menemui lebih 4000 orang serta menerima 2200 memorandum daripada pelbagai pihak yang terdiri daripada parti-parti politik, ahli-ahli Mesyuarat Kerajaan dan Undangan, pembesar-pembesar, anak-anak negeri dan pemimpin kaum, majlis bandaran, pemimpin-pemimpin agama, kesatuan sekerja dan orang ramai memberikan pandangan masing-masing terhadap gagasan Malaysia.

Suara-suara rakyat ini membuktikan sokongan mereka melalui laporan Suruhanjaya Cobbold yang juga telah disahkan oleh perwakilan Setiausaha Bangsa-Bangsa Bersatu. Di samping itu, laporan Suruhanjaya Cobbold turut memuatkan cadangan-cadangan daripada ahli-ahli Suruhanjaya tersebut berhubung beberapa perkara yang dinyatakan melalui memorandum-memorandum yang telah diterimanya.

Pada 21 Jun 1962, laporan Suruhanjaya ini telah dikemukakan kepada Kerajaan British dan Kerajaan Persekutuan Tanah Melayu dan setelah dikaji laporan tersebut, kedua-dua kerajaan telah bersetuju menerima hampir kesemua cadangan yang telah dibuat oleh Suruhanjaya Cobbold. Perdana Menteri Tanah Melayu pada waktu itu, Tunku Abdul Rahman Putra juga telah menerima serta mengkaji laporan Suruhanjaya Cobbold.

Sebuah Jawatankuasa telah dibentuk oleh Tunku Abdul Rahman untuk mengkaji laporan itu dengan lebih mendalam yang juga dipengerusikan oleh beliau sendiri dan anggota-anggota yang terdiri daripada Tun Abdul Razak (Timbalan Perdana Menteri), Tan Siew Sin (Menteri Kewangan), Datuk (Dr) Ismail Dato’ abdul Rahman (Menteri Keselamatan Dalam Negeri) dan Datuk V.T Sambanthan (Menteri Kerja Raya dan Telekom).

Secara keseluruhan, bentuk sokongan masyarakat Sabah dan Sarawak terbahagi kepada tiga golongan iaitu 1/3 daripada kedua-dua buah negara ini menyokong penuh penggabungan tanpa syarat. Selain itu, 1/3 lagi turut menyokong, tetapi dengan syarat-syarat dan jaminan tertentu dan 1/3 lagi separuhnya mahukan kemerdekaan dahulu sebelum bergabung dan separuhnya yang menentang kerana mahu kekal dalam pemerintahan British.

Jawatankuasa Antara Kerajaan

Setelah Suruhanjaya Cobbold berjaya memberikan laporannya yang agak memuaskan, hal ini disambung dengan merangka syarat-syarat Persekutuan secara terperinci. Hal ini telah dilaksanakan oleh sebuah Jawatankuasa yang lain iaitu Jawatankuasa Antara Kerajaan (JAK) yang diketuai oleh Lord Landsdowne yang bertindak sebagai Pengerusi, Tun Abdul Razak Hussein sebagai Timbalan Pengerusi, wakil-wakil kerajaan British dan wakil-wakil negeri Sarawak, Sabah dan Singapura.

Jawatankuasa ini berjaya mereka satu perlembagaan yang melibatkan hasrat rakyat Sabah dan Sarawak berdasarkan memorandum yang diterima oleh parti politik di kedua-dua wilayah tersebut.

Antara perkara yang dibincangkan untuk menjadi elemen utama dalam perlembagan tersebut ialah agama Islam dijadikan agama rasmi Persekutuan Malaysia, kecuali Sabah dan Sarawak. Kedua ialah bahasa Melayu telah dijadikan bahasa rasmi Persekutuan Malaysia

Ketiga ialah hak berkenaan imigresen di Sabah dan Sarawak diserahkan kepada kerajaan negeri walaupun statut mengatakan ia di bawah kuasa pusat. Keempat ialah struktur pembelajaran tetap sehinggalah Majlis Negeri membuat pindaan dan kelima ialah Sabah diberikan 24 perwakilan Parlimen, manakala Sarawak 16 dan Singapura 15 buah kerusi.

Referendum Singapura

Singapura turut mengadakan satu pungutan suara yang dipanggil Referendum Singapura yang mana fungsinya adalah untuk mendapatkan pandangan rakyat Singapura berkaitan isu Penubuhan Malaysia. Pungutan suara ini diadakan walaupun dengan majoriti parti politik menyokong penubuhan Malaysia supaya suara minoriti yang tidak bersetuju juga akan diambil kira.

Rakyat Singapura telah diberi 3 pilihan undi yang pilihan undi pertamanya mendapat 397 626 undi kerana pilihan pertama menyebut bahawa rakyat Singapura bersetuju untuk bergabung dengan Malaysia sekiranya syarat-syarat yang telah ditetapkan oleh kerajaan Singapura dan Persekutuan Tanah Melayu melalui Kertas Putih pada bulan November 1961 diikuti. Pilihan keduanya mendapat 9442 undi yang mana ia menyatakan rakyat bersetuju untuk bergabung dengan Malaysia tanpa mengenakan sebarang syarat dan kedudukan Singapura adalah sama dengan wilayah anggota lain.

Seterusnya ialah pilihan ketiga yang mendapat 144 077 undian yang mana pilihan ini mengatakan bahawa rakyat Singapura bersetuju untuk bergabung dengan syarat rakyat Singapura juga haruslah mendapat faedah yang sama dengan wilayah lain.

Secara amnya, Referendum Singapura telah diadakan pada 1 November 1962 dan setelah referendum selesai, ia menunjukkan bahawa 71% rakyat Singapura menyokong pembentukan Malaysia.